在进行论文查重时，识别参考文献的重复至关重要。一种常用的方法是利用专业的查重软件，通过比对文献库中的资料，快速发现重复部分。此外，还可以手动检查参考文献，注意比对每一条引用内容，确保无遗漏。另外，注意引用格式的一致性也是避免重复的关键，遵循规范的引用格式，可以有效减少重复引用的可能性。

除了利用查重软件和手动检查参考文献外，还可以通过调整文献的引用方式来避免重复。可以尝试对相似的内容进行合并引用，避免多次引用同一段文字导致重复。同时，注意文献的时效性，避免引用过时的资料，避免出现与旧文献相同的内容。定期更新参考文献库，删除过时文献，也是识别和避免参考文献重复的有效方式。