论文查重对论文整体质量的影响是多方面的。首先，论文查重可以有效避免学术不端行为，保障论文的学术诚信性。其次，查重可以帮助发现论文中存在的抄袭和剽窃现象，提高论文的原创性和学术水平。此外，通过查重可以发现论文中存在的重复引用和重复内容，有助于提升论文整体质量和学术水平。因此，评估论文整体质量时，论文查重是必不可少的一环。

评估论文整体质量的方法有很多种，其中论文查重是非常重要的一种方法。此外，还可以通过查看论文的学术价值、逻辑严谨性、数据可信度、结论的合理性等方面来评估论文的整体质量。另外，还可以通过引用文献的数量和质量、论文的创新性和实用性等来评估论文的整体质量。总之，评估论文整体质量是一个综合性的过程，需要综合考量论文的多个方面。